Izvršni odbor Fudbalskog saveza BiH donio je konačnu odluku, po kojoj će u sezoni 2016/17. Premijer liga BiH nakon dvokružnog bod sistema biti podijeljena na Ligu za prvaka i Ligu za opstanak, u kojoj će nastupiti po šest klubova.
Uprkos želji dvotrećinske većine klubova članica bh. elite da se igra trokružni sistem, vrh bh. "kuće fudbala" odlučio je da se liga nakon 22 kola regularnog dijela sezone podijeli na dvije lige sa po šest klubova - Ligu za prvaka i Ligu za opstanak.
Klubovi će u drugi dio sezone prenijeti bodove osvojene u regularnom dijelu i tako nakon 22 kola, odigrati još 10 kola u nastavku, takođe po dvostrukom bod sistemu (svako sa svakim kod kuće i u gostima).
Sezona će tako početi 23. jula tekuće godine, a jesenji dio trajaće do 4. februara 2017. godine. Početak drugog dijela sezone zakazan je za 25. februar i trajaće do 27. maja, kada će biti odigrano posljednje kolo. Dvomeč finala Kupa BiH biće igran 10 i 17. maja 2017.
Žrijeb parova Premijer lige BiH za sezonu 2016/17. biće održan u petak 24. juna u 11 časova u hotelu "Park" u Vogošći.
U bubnju će se naći 12 klubova: Čelik (Zenica), Krupa (Krupa na Vrbasu), Metalleghe-BSI (Jajce), Mladost (Doboj-Kakanj), Olimpik (Sarajevo), Radnik (Bijeljina), Sarajevo, Sloboda (Tuzla), Široki Brijeg, Vitez, Zrinjski (Mostar) i Željezničar (Sarajevo).