Aplikacija na meti optužbi da krši privatnost svojih korisnika.
Sigurnosna studija koja je obuhvatila češljanje WhatsApp koda utvrdila je da WhatsApp aplikacija zapravo ne uklanja poruke koje korisnik izbriše. Ovo je greška koja možda i nije namerna, navodi jedan od istraživača, jer ne dolazi do automatskog upisivanja preko mesta u aplikaciji na kojem se nalaze izbrisane poruke. Prema The Verge saznanjima to se dešava zbog SQLite politike, koja dozvoljava da poruke koje su izbrisane "prežive" i dalje u korisnikovom telefonu, iako se one u aplikaciji ne vide.
Još jedan problem, izražen na iOS uređajima jeste automatska sinhronizacija WhatsApp podataka sa iCloud sistemom, na kojem se izbrisane poruke, takođe zadržavaju.
Još jedna greška WhatsApp tima je to što se poruke na iCloud ne bekapuju s posebnom enkripcijom, što ih čini lakom metom za hakovanje i krađu. Takođe, posebnim alatima se može doći do izbrisanih poruka na samom telefonu na kojem su poruke izbrisane. Što se iCloud opcije tiče, uz sudski nalog za proveru WhatsApp poruka, one će lako biti prikazane policiji ili inspektorima, jer iako izbrisane na uređaju, one su i dalje dostupne u oblaku.
WhatsApp je upozoren na ove propuste i očekuje se odgovor. WhatsApp je pre nekoliko meseci uveo "end to end" enkripciju za sadržaj razmenjen putem aplikacije, ali nije uradio dovoljno dobru zaštitu izbrisanih i podataka bekapovanih na Cloud servise.